L’edificio della dogana appare in piena attività sotto Cangrande Della Scala, ma probabilmente fu costruito sotto Alberto I Della Scala a cui si devono numerose opere militari come il castello di Sirmione.
Intorno al 1377 Lazise diventa sede di una Capitaneria e “la grande fabbrica”,come era chiamata al tempo la dogana, assume un’importanza particolare: oltre che manufatto militare diviene anche magazzino civile. Lazise si trovava al centro di una rete viaria di scalo merci per cui sotto i veneziani, dal 1405, l’arsenale-darsena, pur confermando la funzione militare ospitando una flottiglia, diviene sempre più fondaco e dogana (infatti nei documenti si può notare la diversa denominazione dell’edificio: da “grande fabbrica” si passa a “Ressenal”, che starebbe per arsenale, e infine a dogana). Nel 1577 il fondaco chiude l’attività e l’edificio si adibisce a tezone per la produzione del nitro, necessario per la produzione della polvere da sparo. Ci sono dei tentativi da parte della popolazione di ripristinare la dogana, cosa che avverrà solo nel 1647, quando la comunità di Lazise acquista il fabbricato dal senato veneziano. La fine della Serenissima Repubblica di Venezia coincide con la fine dei traffici mercantili e quindi della dogana, che diventa deposito di legnami, marmi o carbonaia. Dopo la prima guerra mondiale l’edificio fu restaurato, vennero murati i due fornici e fu adibito a stabilimento per la filatura del cotone. Nel 1924 la casa del doganiere e la torre del Cadenon furono abbattuti per realizzare la banchina e la piazza con il monumento ai caduti. Nel 1937 l'edificio fu trasformato nella “Casa del fascio” sotto la direzione dell’architetto Francesco Banterle: furono riaperti i due grandi fornici (non più prospicienti il lago); furono realizzate le aperture ad arco nel lato nord e sud; furono creati un atrio, otto locali di rappresentanza e un magazzino. Dopo la guerra ospitò Associazioni Civili d’Arma.
Dal 2001 al 2005 è stata oggetto di un impegnativo restauro che ha dato giustizia ad un edificio ormai decadente e abbandonato. In seguito l'edificio è stato destinato ad ospitare convegni, matrimoni, mostre d'arte, concerti, sfilate di moda, nonché prestigiosi eventi culturali e mondani. La struttura miscela pregevolmente il gusto di una suggestiva cornice monumentale con le più moderne tecnologie di un polivalente centro congressuale. La Dogana Veneta è visitabile durante gli eventi pubblici.